Naoe is een shinobi oftewel een ninja. Haar hele familie uit de provincie Iga maakt deel uit van de shinobi en ze is de fictieve dochter van Fujibayashi Nagato. In het spel draagt ze het Hidden Ones logo met het verborgen mes. Naoe sluipt rond en zorgt ervoor dat ze stil bij haar vijanden in de buurt komt. Zo leidt ze bewakers af met rookbommen en sluipt ze vijandelijke kampen zonder problemen binnen. Ook kruipt zij door het gras en blijft ze geruisloos onderwater terwijl ze bamboe gebruikt als snorkel. Naoe kan geen aanvallen blokkeren of tegenaanvallen doen, waardoor je altijd tactisch moet zijn.

Yasuke is na het afronden van zijn opleiding een echte samurai. Hij is wat minder van het sluipen en gaat recht op zijn doel af. Met precisie en kracht gebruikt hij zijn vaardigheden voor het verslaan van vijanden. Hier gebruikt hij verschillende wapens voor, zoals zijn katana. Yasuke komt oorspronkelijk uit Afrika, die historisch gezien in 1579 met de Portugezen naar Japan kwam. Hierdoor is dit de eerste keer dat Assassin’s Creed een echt persoon in de game stopt. Yasuke heeft verschillende wapens, waaronder ook lange afstand wapens.

Assassin’s Creed Shadows speelt zich af in Japan tussen het jaar 1579 en 1580. De map is verdeeld in 3 delen, namelijk Iga, Arima en Omi. Iga wordt gezien als het gebied van de shinobi, waar Naoe vandaan komt. Arima wordt gezien als de locatie van een grote veldslag, terwijl Omi meer een landbouwgebied is. Yasuke is lid van krijgsheer Oda’s leger, terwijl Naoe en haar familie geboren vijanden zijn van Oda. Als we kijken naar de andere Assassin’s Creed games, speelt Shadows zich 135 jaar voor Assassin’s Creed Black Flag af.

Door de Japanse setting zijn er ook nieuwe wapens toegevoegd aan deze Assassin's Creed. Zo komt de grijphaak uit Assassin’s Creed Syndicate terug in deze game en zijn er veel historische wapens beschikbaar zoals een katana, Tekko klauw en Kunai werpmessen. Elk wapen heeft zijn eigen vaardighedenboom, waardoor je jouw favoriete wapens upgradet. Ook maak je eigen wapens met verzamelobjecten zoals Japanse rollen. De verzamelde wapens kunnen gebruikt worden door beide personages.

In Assassin’s Creed Shadows heeft een dynamische map. Er is een seizoenssysteem, waardoor je de verhaallijn door alle seizoenen speelt. Zo bloeit de kersenbloesem in de lente, terwijl de bladeren van de bomen vallen tijdens de herfst. Qua mapgrootte zal deze map even groot zijn als Assassin’s Creed Origins. Ook zie je dit terug aan de NPC’s, die een ander soort kleding dragen per seizoen en dat vijanden een ander zoekgedrag hebben. Hierdoor blijven ze bijvoorbeeld in de winter bij het vuur terwijl ze in de lente overal rondlopen.